中配子女返台政策一再轉彎，外界質疑陸委會做出決定前，衛福部應該也有參與討論。對此，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示，兩個部會站在不同的立場有不同的看法，進而暫緩其返台，沒道理小孩被父母丟包，國家要收起來，但也強調僅是疫情嚴重時的措施，並非永久都不能入境。

對於中配子女返台事宜，陳時中指出，兩個部會看法不同，衛福部認為若是大人、小孩一起要回來，仍有一名大人在那邊照顧，萬一是一名小孩留在中國，沒道理被父母丟包，國家要收起來，應該自己得負責，不太可能去探親或遊玩、丟在國外，叫小孩自己坐飛機回來，因此這種情況不會存在。而陸委會主要參考民眾陳情的情況。

陳時中也提到，這不是永久的，而是疫情嚴重時的措施，像是居家檢疫的人也沒有錯，只是從那邊回來，因此大家多出一點力氣，希望大家都盡一點責，防疫人員、居家檢疫的人也都要盡責，防疫不容易守，但守住了就很有意義。